Analisis sistem IgG plasma N-glikopeptida utuh dari pasien dengan penyakit ginjal kronis melalui EThcD-sceHCD-MS/MS

Molekul imunoglobulin G (IgG) memodulasi respon imun. Namun, tanda tangan N-glikosilasi spesifik situs dari IgG plasma pada pasien dengan penyakit ginjal kronis (CKD) masih belum jelas. Penelitian ini bertujuan untuk mengusulkan metode baru untuk mengeksplorasi pola N-glikosilasi IgG dan membandingkannya dengan metode yang dilaporkan. Kami memisahkan IgG plasma manusia dari 58 kontrol sehat (HC) dan 111 pasien dengan CKD. Molekul IgG yang dimurnikan dicerna oleh tripsin. Peptida triptik tanpa pengayaan N-glikopeptida utuh dianalisis menggunakan kombinasi transfer elektron/disosiasi tumbukan berenergi lebih tinggi (EThcD) dan energi tumbukan bertahap/disosiasi tumbukan berenergi lebih tinggi (sceHCD) spektrometri massa (EThcD-sceHCD-MS /NONA). Ini menghasilkan kualitas spektral yang lebih tinggi, ion fragmen yang lebih informatif, skor Byonic yang lebih tinggi, dan hampir dua kali kedalaman identifikasi N-glikopeptida utuh daripada sceHCD atau EThcD saja. Pemetaan N-glikosilasi spesifik lokasi mengungkapkan bahwa N-glikopeptida utuh diekspresikan secara berbeda pada pasien HC dan CKD; dengan demikian, ini bisa menjadi alat diagnostik. Penelitian ini memberikan metode untuk penentuan pola glikosilasi pada CKD dan kerangka kerja untuk memahami peran IgG dalam patofisiologi CKD. Data tersedia melalui ProteomeXchange dengan pengenal PXD027174.